En lugar del cardenal Hugolino asistió el cardenal Rainiero Capocci, en cuyo nombre, cada día,  presidía la eucaristía uno de los muchos obispos presentes. Francisco ejercía como diácono, proclamando el Evangelio. Este año se dirigió a todos los presentes con unas palabras basadas en el versículo del salmo 144 que dice: "Bendito sea mi Dios, que adiestra mis manos para el combate", exhortando a los hermanos a la paciencia y a ser modelo para todo el mundo. El ansia de mortificación de los hermanos era tal, que Francisco tuvo que prohibir que utilizaran argollas de hierro y cilicios, pues muchos enfermaban por ello, quedando incapacitados para la oración y otras actividades. Hasta 500 piezas dejaron los hermanos a los pies de Francisco, por mandato suyo.

Ambiente

el ambiente era juvenil y optimista, casi eufórico. Grupos de hermanos rezaban, cantaban o charlaban animadamente, acá y allá, comentando las peripecias de sus correrías por el mundo, el martirio de los cinco que fueron a  Marruecos o el valor de Francisco en Egipto. No es extraño, sin embargo, que en un lugar de tanta aglomeración, ocurriera alguna desgracia. Un día un hermano tropezó y fue a caer en un pozo. Francisco, apenas oyó el golpe de la caída, corrió a orar a la iglesia y el hermano fue rescatado ileso. 

La casa del "Comune"

Francisco no terminaba de asimilar lo de la nueva casa construida por el Municipio, así que un día se subió al tejado con otros compañeros, con evidente intención de derribarla. Ante la multitud de hermanos agolpados alrededor, algunos representantes municipales, entre ellos el hermano carnal de Francisco, Ángel, le gritaban desde abajo: "La casa es del Comune, y te prohibimos derribarla". Ante tales argumentos, el santo cesó inmediatamente en su empeño. Había conseguido lo que quería: que todos los hermanos supieran que la casa no era de los hermanos, pues temía que la Porciúncula dejara de ser un modelo y que en otros lugares siguieran el mismo ejemplo. El nunca quiso que se alojaran en ninguna parte, sin antes haberse asegurado de quién era el dueño, pues los hermanos menores tienen que alojarse siempre bajo techo ajeno. También quería que sus casas fuesen humildes, como las de los pobres, y que viviesen en ellas como peregrinos y forasteros, anhelando ardientemente la patria del cielo, y desplazándose en paz de un lugar a otro. También decía que la pobreza es el fundamento de la Orden y que, si esta se resquebrajara, el edificio se vendría abajo.

La Regla revisada

En este capítulo Francisco presentó la nueva versión de la Regla, es decir, la regla primitiva, aprobada oralmente por Inocencio III en 1209, con las modificaciones, añadidos y supresiones introducidas en los capítulos anteriores (1216 al 1219) y por el mismo santo al volver de Egipto, con ayuda de fray Cesáreo de Spira, experto en Sagrada Escritura, que la adoró con abundantes frases evangélicas. Entre las novedades estaba la introducción del noviciado (cap. 2), en virtud de la reciente disposición de Honorio III. También el capítulo referente al ayuno (cap. 3) sufrió una transformación radical, quedando éste reducido a las cuaresmas de San Martín, Epifanía y Pascua y a todos los viernes del año. No sólo se abrogaba, pues, la meticulosa normativa introducida el año anterior por el capítulo de los vicarios, sino que se simplificaba bastante las disposiciones primitivas. Otra novedad importante fue el capítulo 18, donde se dispone que los capítulos de Pentecostés sigan siendo anuales para las provincias italianas, y trimestrales para el resto, en vez de cada dos años, como, probablemente, se venía haciendo hasta entonces (1217-1219-1221). Pero lo más destacado es que la participación al capítulo de Pentecostés quedará limitada a los superiores de la orden, según la práctica cisterciense, propuesta como modelo por el Concilio de Letrán, y como deseaban los ministros. En compensación, los capítulos provinciales o de San Miguel seguían siendo abiertos a la participación de los religiosos de toda la provincia.

El envío a las distintas provincias

(7-8 de junio 1221). Aunque Francisco interviene y toma decisiones en el capítulo, la coordinación de todo corre a cargo de su nuevo vicario fray Elías. Este, en efecto, de común acuerdo con los provinciales, era el encargado de asignar la provincia de destino a los hermanos, excepto a los Ultramar, a donde sólo iban quiénes lo solicitaban personalmente, como dispone la regla. Nuevo ministro de esta provincia fue elegido fray Benito Sinigardi de Arezzo, en sustitución de fray Elías y de fray Lucas de Puglia, que había quedado al cargo de la misma el año anterior, cuando Elías regresó a Italia con Francisco. Fray Gregorio de Nápoles sustituyó en Francia a fray Pacífico, mientras éste era nombrado, probablemente este mismo año, visitador general de los monasterios de damianitas, tras la muerte del cisterciense fray Ambrosio y la deposición de fray Felipe Longo. A la provincia de Hungría (incluidos los países balcánicos) fueron enviados algunos hermanos a combatir la herejía bogomil o patarina en Bosnia, Serbia y Bulgaria, a petición del legado pontificio y algunos obispos de la zona. Al frente de la provincia española, la más floreciente fuera de Italia, fue enviado de nuevo fray Juan Parenti, que permanecerá en el cargo hasta su elección, en 1227, como primer sucesor de San Francisco.

San Antonio de Lisboa o de Padua

A la provincia española pertenecía Antonio de Lisboa, el joven ex-agustino de Santa Cruz de Coimbra, que vio frustrados sus deseos de martirio en Marruecos y acabó en las costas sicilianas cuando regresaba, enfermo, a Portugal. Viendo que nadie lo reclamaba, pues era un completo desconocido lo consideraban poco útil, solicitó a fray Gracián, sucesor de Pedro Straccia en la provincia de Lombardía-Romagna, que lo llevase consigo y lo instruyese en la vida religiosa, sin hacer alusión a sus estudios ni a sus conocimientos bíblicos. El ministro lo envió entonces al eremitorio de Montepaolo, cerca de Dodávola (Forlí), y allí permaneció, ejerciendo como sacerdote, hasta septiembre del año siguiente, cuando todos descubrieron sus dotes oratorias.

La provincia de Alemania

A Alemania nadie quería ir, desde el estrepitoso fracaso de la misión de 1217. por eso Francisco, por medio de fray Elías, ofreció a los que quisieran ir la misma obediencia que a los que iban a Ultramar, a tierras de infieles. Se ofrecieron casi noventa voluntarios, muchos de ellos ansiosos de martirio. Los seleccionados fueron doce hermanos clérigos y quince legos. Entre estos iba fray Jordán de Giano, a quien debemos una preciosa crónica de mediados del siglo XIII, con múltiples noticias sobre los orígenes de la Orden y de la provincia en Alemania. Al frente de la misma fue enviado fray Cesáreo de Spira, una de las adquisiciones de fray Elías, cuando estuvo en Palestina. También iba fray Tomás de Celano, futuro biógrafo oficial de San Francisco, y fray Juan de Pian del Cárpine, futuro ministro de Alemania, España y otras provincias. Fray Juan fue enviado como embajador del papa Gregorio IX a la corte del Gran Khan, logrando implantar la Iglesia católica y la Orden de los hermanos menores en el lejano Oriente.

Fundación de la Orden Tercera, de los Penitentes Seglares

Existe constancia de que San Francisco fundó la Orden Tercera o de la Penitencia este mismo año 1221, y el capítulo general al que nos estamos refiriendo no podía ser ajeno a una decisión tan importante. Es probable que en el capítulo se diese el visto bueno al proyecto, dejando para más adelante la redacción de un memorial o regla, en espera de que el santo y el cardenal Hugolino pudiesen elaborarlo juntos, cosa que se hizo, según parece, el verano siguiente, en Florencia (ver Orden Franciscana Seglar.)