En la segunda mitad de julio de 1216, cuando faltaba poco para el 2 de agosto, primer aniversario de la consagración de Santa María de la Porciúncula, Francisco se presentó con fray Maseo ante el papa, y le pidió "una indulgencia para el aniversario de la consagración, sin necesidad de limosnas". El papa se sorprendió, pues la ayuda económica era imprescindible en estos casos. Con todo le ofreció un año, más de lo habitual, pero al Santo le pareció poco uno, dos, tres o siete años, y replicó: "Plazca a vuestra santidad concederme almas, no años". Y, ante la extrañeza del pontífice, le explicó: "Quiero, si place a vuestra santidad, por los beneficios que Dios ha hecho y aún hace en aquel lugar, que quien venga a dicha iglesia confesado y arrepentido quede absuelto de culpa y pena, en el cielo y en la tierra, desde el día de su bautismo hasta el día y hora de su entrada en ella ".

La perplejidad del papa estaba más que justificada: el Concilio Lateranense IV, pocos meses antes había limitado a un año la indulgencia para la dedicación de una iglesia, y a sólo cuarenta días para el aniversario, con el fin de favorecer la única indulgencia plenaria que existía entonces, la de Ultramar, establecida por el Concilio de Clermont (1095) con motivo de la Primera Cruzada. En un principio estaba reservada a los peregrinos de Tierra Santa y a los cruzados, pero el Concilio acababa de hacerla extensiva a quienes colaboraran materialmente con la Cruzada. Por tanto, una indulgencia plenaria sin riesgo físico ni coste económico, con la sola condición de acudir a la Porciúncula sinceramente arrepentidos, era algo inconcebible; de ahí que el papa respondiera: "Mucho pides, Francisco. La Iglesia no suele conceder tales indulgencias". A lo que él replicó: "Messer, lo que pido no viene de mí, es el Señor quien me envía". Entonces el pontífice exclamó, por tres veces: "¡Me agrada que la tengas!".

Pero los cardenales, temiendo el golpe que tal indulgencia podía suponer para la Quinta Cruzada que se estaba organizando, hicieron notar enseguida al pontífice que tal concesión echaba por tierra la de Ultramar, mas él argumentó: "Se la hemos concedido y no podemos echarnos atrás, pero la limitaremos a un solo día natural", y así se lo comunicó a Francisco, quien, por respuesta, hizo una reverencia y se dispuso a marcharse, pero el Papa lo detuvo, diciéndole: "¡Simple! ¿A dónde vas sin documento alguno?" "Me basta vuestra palabra -replicó él, alérgico como era a los privilegios-. Si es de Dios, ya se encargará de manifestarla. No quiero documentos. Que la Virgen sea el papel, Cristo el notario y los ángeles, testigos".

Logrado su objetivo, Francisco regresó, contento, a Asís. Al llegar a Collestrada se detuvo a descansar y a orar junto al leprosería. Poco después llamó a Maseo y le dijo: "De parte de Dios te digo que la indulgencia concedida por el papa ha sido confirmada en el cielo".

Los biógrafos más antiguos no mencionan expresamente esta importante concesión pontificia, pero cuentan que un hermano muy espiritual, a quien Francisco quería mucho (probablemente fray Silvestre), antes de su conversión soñó que en torno a la iglesita de la Porciúncula había una multitud de personas ciegas, de rodillas, con el rostro y las manos levantadas al cielo y pidiendo a Dios, con lágrimas, luz y misericordia. Y, de repente, un gran resplandor del cielo los envolvió y les devolvió la vista.

La referencia explícita más antigua y autorizada sería una carta de San Buenaventura, ministro general entre 1257 y 1273, hoy desaparecida, inventariada en 1375 en la biblioteca papal de Aviñón bajo el título: "De indulgentia Beate Marie Portuensi (léase Portiunculae) Assisii". Pero los testimonios más importantes fueron los recogidos por fray Ángel de Perusa, ministro de la provincia umbra de San Francisco (1276-7), que sirvieron de base para el Diploma del obispo Teobaldo de Asís (1310), que es el relato más completo y autorizado.

Entre los testigos estaba Pedro de Zalfano, presente el 2 de agosto de 1216 en la Porciúncula, donde "oyó predicar a San Francisco en presencia de siete obispos, y llevaba un papel en la mano, y dijo: Os quiero llevar a todos al paraíso, y os anuncio una indulgencia que tengo de boca del sumo pontífice. Y todos los que vengan hoy, y los que vendrán cada año, este mismo día, con corazón bueno y contrito, tendrán la indulgencia de todos sus pecados. Yo la quería para ocho días, pero sólo pude conseguir uno". Aunque Pedro de Zalfano hace coincidir la proclamación con "la consagración", según una nota del Sacro Convento de Asís, de la primera mitad del siglo XIII, y el testimonio de Giacomo Coppoli, que se lo oyó decir a fray León, lo que se celebraba ese día era el primer aniversario de la consagración.

La concesión, por voluntad de Francisco, nunca estuvo avalada por ninguna bula, de ahí que, años más tarde, algunos dudaran de la misma, y fue por ese motivo por el que frailes y asisanos se vieron obligados a recoger testimonios jurados de los pocos testigos directos y indirectos que aún vivían. Sin embargo, ningún papa se manifestó nunca contrario, más bien la confirmaron y, poco a poco, la fueron haciendo extensiva a otras muchas iglesias. Además, la ignorancia sobre el tema unos siglos después llevó a creer que la Indulgencia se podía obtener en la Porciúncula todos los días del año, y también esto fue aceptado por diversos pontífices, no sólo para Santa María, sino también para la Basílica de San Francisco. En cierto modo se han cumplido las palabras del Santo, cuando dijo: "Si es obra de Dios, ya se encargará él de manifestarla".