Las divisiones y reformas de los franciscanos de la primera Orden se reflejó también en la orden de las Clarisas, que dependían espiritualmente de ellos. De ahí que, pocos años después del nacimiento oficial de la Orden de los Capuchinos (1525), surgiera en Nápoles el primer monasterio de clarisas capuchinas. Su origen fue un hospital de incurables de Nápoles, fundado por la noble viuda española María Lorenza Longo. Los primeros capuchinos llegados a la ciudad se hospedaron allí y se hicieron cargo de la dirección espiritual de la comunidad de terciarias franciscanas que lo atendían.

En 1533 la dirección cayó en manos de San Cayetano de Thienne, fundador de los teatinos, que dio al grupo un marcado acento contemplativo y obtuvo de la Santa Sede para ellas la aprobación canónica con el nombre de Hermanas Franciscanas de la Tercera Orden, mientras María Lorenza establecía una clausura rigurosa. En 1538, San Cayetano las confió al cuidado de los capuchinos, que no eran ajenos al nuevo rumbo que tomaba la nueva fundación. Y el 10 de diciembre del mismo año Pablo III confirmaba la erección definitiva del monasterio bajo la Regla de Santa Clara, poniéndolo bajo la dirección de los capuchinos, por expreso deseo de la fundadora. Una disposición pontificia limitaba el número de monjas a 33, por lo que fue llamado popularmente el monasterio "de las Treinta y tres".

La característica principal de la nueva Orden de las capuchinas será "la estrictísima observancia de la regla de santa Clara": máxima pobreza, austeridad, estricta clausura, sencillez fraterna e intensa vida de oración. Para lograrlo, sor María Lorenza adoptó las Constituciones de santa Coleta, completándolas y sustituyéndolas en parte con algunos puntos de las Constituciones de los capuchinos. La veneración general de que fueron objeto desde un principio fue la causa de que la nueva congregación se extendiera enseguida con nuevas fundaciones en Italia (Perusa, Gubbio, Roma, Milán...) y en el mundo. La primera fundación fuera de Italia fue la de Granada, en España, donde Lucía de Ureña (+1597) fundó las Capuchinas Mínimas del Desierto de Penitencia. En 1599 Ángela Margarita Serafina Prat fundaba en Barcelona otra comunidad, "conforme a la regla y estatutos de las monjas capuchinas de Roma y Granada", como se decía en el decreto de erección. A finales del siglo XVII eran ya 24 monasterios en España. En 1665, un grupo de capuchinas fundaba en la ciudad de México, extendiéndose la reforma rápidamente por todo el país. Y desde Madrid llegaban a Lima (Perú) en 1713 y a La Antigua (Guatemala) en 1725. En Francia, entre el 16013 y el 1619 surgieron monasterios de capuchinas en París, Amiens (ex-recoletas) Marsella y Tours, de donde salieron para fundar en Lisboa en 1665, a petición de la reina de Portugal.

Siendo monasterios autónomos, tenían gran variedad de usos y observancias, hasta que, en 1610, el Procurador general de los capuchinos Jerónimo Castelferretti revisó las constituciones de Nápoles, que fueron adoptadas por numerosos monasterios de Italia y España. Otras obtuvieron constituciones propias aprobadas por sus obispos o por breve pontificio. Hoy la Congregación cuenta con más de dos mil religiosas y unos 150 monasterios (ver Directorio).

Entre sus miembros destacan la fundadora, que murió el 21 de diciembre de 1542 en loor de santidad, y la estigmatizada Santa Verónica Giuliani (1660-1727), con su voluminoso diario donde relata sus experiencias espirituales, que la convierten en una de las mayores místicas contemplativas de la Iglesia. Recordamos también a su discípula la beata Florida o Fiorita Cévoli (1685-1767) y a la beata María Magdalena Martinengo (1687-1737), prodigio de penitencia y austeridad.

Clarisas Capuchinas Sacramentarias o de la Adoración Perpetua

Las Clarisas Capuchinas de la Adoración Perpetua son una rama de la orden anterior, compuesta por 25 monasterios que comparten los mismos orígenes y espiritualidad. La diferencia es que se dedican, por encima de todo, a interceder y a ralizar el fin más noble de la comunidad de orantes que es la Iglesia: glorificar a Dios a todas horas en nombre de toda la humanidad, sobre todo con la participación activa en la Celebración Eucarística, que se prolonga en la Adoración, ofreciéndose a sí mismas en favor de todo el mundo y de las necesidades de la Iglesia.

Terciarias Franciscanas Capuchinas (TORCap)

Además de las clarisas capuchinas, están afiliadas a la orden de los Hermanos Menores Capuchinos las Capuchinas de Frances Taffin, pequeño grupo de 23 hermanas que viven en 4 monasterios y las Capuchinas de la Tercera Orden Regular, con unos 16 monasterios.
También hay Capuchinas fruto de la reforma homónima masculina. Se trata de aquellos conventos femeninos de la tercera orden regular franciscana (TOR) de entre los siglos XIV y XVI que, en base a las Constituciones de la Orden, se convirtieron en Terciarias Capuchinas, con autonomía propia. Entre ellas destaca la reforma iniciada en Pfanneregg, Suiza, por Elisabeth Spitzlin, que se extendió a otros conventos. A partir de 1958, 15 conventos de terciarias capuchinas, sometidos a la visita del ministro provincial capuchino o al obispo diocesano, se unieron en la Federación de Santa Clara, que en 1965 contaba con 573 religiosas y con 209 en el 2003. Se dedican principalmente a la vida contemplativa, a la elaboración de hostias y ornamentos litúrgicos y a la catequesis. En 1888, 1965 y 1967 fundaron varias misiones y conventos en América Latina y en África.