Beatriz, que mantenía buenas relaciones con el Vicario provincial y otros frailes de la Observancia castellana, murió en 1490, sin haber consolidado su fundación. Hubo disensiones entre sus compañeras y acabaron agregándose a las benedictinas de San Pedro de las Dueñas, de Toledo. Alejandro VI, con la bula "supernae providentia" del 19 de agosto de 1494, declaró extinguida la Orden del Cister en el monasterio, ordenando que en adelante se siguiese la Regla de Santa Clara, conservando el hábito blanco con capa azul, el oficio divino y demás rezos, según lo dispuesto por Inocencio VIII. El monasterio podrá fundar otros monasterios, que gozarán de los privilegios del de Tordesillas y las religiosas dependerán directamente de los franciscanos. Promotora de todo esto, según la bula, es Isabel la Católica, muy devota al misterio de la Inmaculada Concepción de la Virgen. ¿Tuvo algo que ver en esto su confesor fr. Francisco Ximénez de Cisneros, entonces Vicario general observante de Castilla? ¿o fr. Juan de Tolosa, custodio de Toledo, muy apreciado por Beatriz de Silva? Es posible, pero no consta documentalmente.

Con el traslado a San Pedro de las Dueñas aumentaron las discordias, pues a ninguno de los dos grupos agradaba el nuevo régimen. En 1500, una vez más tuvieron que intervenir los frailes observantes para salvarlas de la ruina. En 1505, Cisneros, ya arzobispo de Toledo, ordenó su traslado al convento de San Francisco de Toledo, recién arrebatado a los conventuales, y obtuvo la confirmación del papa Julio II, con la bula "Pastoralis officii" el 19 de febrero de 1505. Con su ayuda y con la protección de la Reina Isabel, la nueva familia franciscana se difundió con extrema rapidez. Muchos eclesiásticos y seglares se ofrecían a fundar conventos. El 14 de julio de 1508, el custodio observante de Murcia obtenía del papa el paso a su jurisdicción de los conventos concepcionistas fundados en su demarcación. Con semejante entusiasmo se propagó la nueva fundación por la dilatada provincia castellana. Directa o indirectamente, Cisneros intervino en la fundación de Torrijos, Maqueda, Talavera, Escalona, Oropesa, Puebla de Montalbán, Ciudad Real, Guadalajara, Escariche, Pastrana, Fuentelencina y Madrid. Por iniciativa de otros surgieron los de León, Cuenca, Olmedo, Usagre, Granada, Almería, Guadix, Carmona, Sevilla, San Juan de la Palma, Calahorra, Puerto de Santa María, Valladolid, Cabeza de Buey, Villasana, Priego, Pedroche, Daroca, etc.

Las concepcionistas se constituyeron en Orden el 17 de septiembre de 1511 ("Ad statum prosperum"), cuando Julio II, a instancias del rey don Fernando, les aprobó una regla propia, que no era sino la de santa Clara, con el privilegio de poseer en común y ciertas mitigaciones en los ayunos, a la vez que se establecía una clausura férrea y se hacía hincapié en la naturaleza contemplativa de la nueva orden. El texto de la regla y de las primeras constituciones (1514) fue redactado por fray Francisco de los Ángeles Quiñones, vicario provincial de Castilla y futuro ministro general de la Orden, ayudado por Cisneros. Características principales son: pobreza en común, hábito blanco con capa azul, clausura perpetua, dependencia de los franciscanos de la Observancia, con quienes tendrían en común un mismo cardenal protector. En 1520 León X les hizo extensibles todos los privilegios de las Clarisas.

La nueva Orden se extendió rápidamente por España y Europa, y luego por los países de América, con una vitalidad sorprendente. Entre las santas y beatas concepcionistas destaca la venerable sor María de Jesús de Ágreda (+ 1665), consejera de Felipe IV, que mantuvo con ella correspondencia secreta durante 22 años. Su obra más conocida es la "Mística ciudad de Dios", donde relata la vida de la Virgen María, centrándose principalmente en la vida interior y mística de la Madre de Cristo.

A las concepcionistas no les faltó su reforma, las Concepcionistas Descalzas, por obra de sor María de San Pablo, fundadora en Madrid, en 1604, del famoso monasterio de las Descalzas Reales.

Actualmente la Orden cuenta con 165 monasterios, la mitad de los cuales, 85, están en España, agrupados en 7 federaciones. También están presentes en Argentina, Bélgica, Bolivia, Brasil, Colombia, Ecuador, Guinea Ecuatorial, México, Perú y Portugal (ver la lista en nuestro Directorio)

Página oficial: Franciscanas Concepcionistas