Cortona es una antigua ciudad italiana de origen etrusco, situada a mitad de camino entre Asís y Florencia, por lo que se puede asegurar que San Francisco pasó por allí con frecuencia, aunque no tengamos noticias de ello. La llamada ermita de "las Celdas" es uno más de los eremitorios cuya fundación se atribuye, sin fundamento histórico, a San Francisco en los comienzos de la Orden, cuando la primitiva fraternidad de la Porciúncula aún no había salido de los confines de Asís . La tradición cuenta que Francisco predicó en Cortona en 1211, antes de retirarse toda una cuaresma en la Isla Mayor del cercano lago Trasimeno, y que fruto de su predicación fue la conversión del Beato Guido Vagnotelli de Cortona (h. 1190-1247), que murió y está sepultado en las Celdas. También se dice que éste era el propietario de este eremitorio y que fue el primero en retirarse allí.

Las características del eremitorio de las Celdas no son muy diferentes de las de otros de aquella época: un lugar apartado y a la vez cercano a la ciudad, junto a un torrente que se precipita hacia el valle entre rocas erosionadas por las aguas, una cavidad en la bajada de un monte cubierto de espesura, en cuya cima existía entonces una pequeña ermita dedicada al arcángel San Miguel. El nombre le viene de las celdas de palos y ramas que los mismos frailes se construían para darse allí a la contemplación y la penitencia.

San Francisco en "Las Celdas" de Cortona

La única presencia segura de San Francisco en este eremitorio fue en la primavera de 1226, pocos meses antes de su muerte. El santo se encontraba en Siena, donde sufrió una inútil y bárbara intervención quirúrgica para atajarle la grave infección ocular que lo había dejado prácticamente ciego. Estando allí, se agravó su estado de tal manera, que todos pensaron que se moría. La llegada de su vicario, fray Elías, pareció reanimarle un poco, de modo que éste decidió trasladarlo a Asís, pasando por Cortona. De camino, se cruzaron con un rebaño numero de ovejas, a las que el santo saludó según solía, y ellas, como queriendo corresponder al saludo, corrieron hacia él, balando y levantando sus cabezas, lo que hizo exclamar al vicario: "¡Qué grande es este hombre, que hasta los animales lo veneran como a un padre y lo reconocen como amigo de su Creador!"

Por el mismo camino encontraron también a un pobre y Francisco, que llevaba un manto prestado sobre sus hombros, por el frío, dijo -como otras veces- al compañero: "Hay que devolver el manto a este pobrecillo, pues es suyo". Y como el compañero se negara, él más insistía, diciendo: "Si no se lo damos, nos acusarán de robar, y yo no quiero ser un ladrón". Porque solía decir que las limosnas son patrimonio de los pobres, y que por eso aceptó siempre menos de lo que le correspondía, para no defraudarlos.

Estando ya en las Celdas de Cortona sucedió algo parecido: los hermanos le habían conseguido un manto nuevo, pero pasó por allí un hombre muy pobre, contando que había perdido a la mujer, dejando huérfanos a sus hijos. Entonces Francisco le dió enseguida el manto, "con la condición de que no se lo des a nadie, si no es a buen precio". Los compañeros trataron de impedirlo, mas no pudieron recuperarlo sin antes pagárselo bien a aquel hombre.

El santo no se detuvo mucho tiempo el Cortona. A los pocos días se agravó de nuevo, se le hincharon aún más el vientre y las piernas, y el estómago empeoró de tal manera que apenas podía retener los alimentos. Entonces rogó a fray Elías que lo llevara a Asís y éste, con las debidas precauciones, lo acompañó personalmente.

Francisco murió en Asís la noche del 3 de octubre de 1226. En 1228 fue canonizado y en 1232 fray Elías fue elegido ministro general de la Orden. Fue entonces cuando, según cuenta el locuaz cronista Salimbene, el antiguo vicario del santo se construyó un lugar "bellísimo, ameno y delicioso, convento que se llama todavía "Celdas de Cortona".

De las celdas primitivas se han encontrado rastros por encima de la que ocupó San Francisco, la única conservada por fray Elías en la nueva construcción, consistente en una sala delante de la misma, ahora transformada en capilla, un piso superior, destinado a la comunidad, y otro piso aún, con las celdas de los frailes, además de otra ala que se incrusta en el monte, con el refectorio abajo y otras celdas encima.

Fray Elías de Asís en Cortona

Hay quien sostiene que Elías era natural de Cortona, pero la tradición más antigua nos dice que era natural del castillo de Beviglie, en Asís. Salimbene de Parma, que fue recibido por él en la Orden, confirma que nació en Asís, en el seno de una familia burguesa. Su padre, fabricante de colchones, era de Castel de'Britti, diócesis de Bolonia, y la madre asisana. Cursó algunos estudios en Bolonia, donde ejerció algún tiempo como notario, y en Asís enseñaba a los niños a leer el salterio. Sus paisanos lo llamaban Bonbarone, como al primer cónsul que tuvo el Municipio de Asís, en 1198.

En 1239, depuesto de su cargo de general y caído en desgracia por su relación con el emperador Federico II, fray Elías se refugió en las Celdas, pero enseguida construyó dentro de Cortona un convento y una iglesia dedicada a San Francisco, donde está sepultado, de modo que el eremitorio perdió importancia. Entre 1314 y 1318 los "fraticelli", construyeron la iglesia, antes de ser expulsados de allí y de la Orden, por herejes. El lugar quedó entonces deshabitado, y pasó a pertenecer a la diócesis, con el nombre de Santo Ángel "alle Celle" o de las Celdas.

El lugar volvió a ser de nuevo franciscano en 1537, cuando el obispo de Cortona, Leonardo Bonafede, lo cedió a la nueva familia de los frailes Capuchinos, los mismos que tres años antes se habían hecho cargo del pequeño eremitorio de Montecasale, en la misma provincia de Arezzo. Desde entonces, al antiguo núcleo construido por fray Elías se le fueron añadiendo nuevas edificaciones, hasta tomar el aspecto actual, poco unitario, típicamente franciscano.